במהלך תהליך של בדק בית עשויים להתגלות גם ליקויי בנייה. את הבדיקה של ליקויי הבנייה במבנה עושה חברת בדק בית מקצועית על ידי אנשי מקצוע מנוסים ובעזרת כלים מיוחדים.
חשיפה וגילוי של ליקויי בנייה אינם קשורים להערכת מחיר הנכס, הם נעשים במטרה למצוא כאלה, ואם הם יורידו את מחיר הנכס, זו החלטה של הקונים עצמם. בדיקת ליקויי בנייה נוגעת למספר נושאים. היא יכולה להתבצע בשלב של עבודות שלד או בעבודות גמר.
בין היתר היא בוחנת ליקויים של רטיבות, נזילות ואיטום. בנוסף, בדק בית יכול לקבוע דרגת המבנה בעמידה בפני רעידת אדמה לפי תמ"א 38 ולפי תקן 2413.